Jeg tror du kan fortsette å stille spørsmål, og vi vil gi deg noen demoer som gir deg
mulighet til å tenke på flere spørsmål. Først ut med en demo blir
Nicola, vær så god.
Vi snakker bare om HPC og høy ytelse databehandling forenkler
For et par år siden hadde vi en stor klynge, Abel og vi hadde utviklet en nettplattform som
tillot brukere å bruke denne klyngen fra et nettgrensesnitt, og denne nettplattformen ble kalt Lifeportal
da Abel stengte, stengte vi også denne plattformen. Nå med Fox dukker opp, installerer vi den samme plattformen på nytt.
Slik at brukerne kan få tilgang til et nettgrensesnitt som kobler dem til HPC-anlegget. For de
som ikke husker dette, og jeg antar at mange av dem visste, denne plattformen heter Galaxy Fox.
Det er en nettplattform eller portal som lar brukerne starte kompliserte jobber på en
høy ytelse dataklynge, uten å ha dyp kunnskap om hvordan folk skal
skrive skript og manipulere parametere for hver beregning. Det gir web tilpasset
menyen for hvert verktøy, jeg kan vise den her på venstre side av skjermen. For eksempel, vi
har et veldig enkelt boksovervåkingsverktøy, som forteller brukerne hva situasjonen er, hva
statusen til klyngen er hvor mange ledige CPUer den har. Hvor mange jobber er det i køen og
verktøyene nedenfor for genomikk, for eksempel BWA. verktøyene for BLAST. Og i teorien at disse
verktøy som brukeren ser i Fox, de er ikke her i Fox. Dette er verktøyene som kjører på
selve klyngen. Galaxy Fox, gir bare et skall, eller grensesnitt til verktøyene, som er
allerede installert på dataklyngen med høy ytelse. I tillegg kan du laste opp data her med
Last opp filalternativet og du kan kjøre jobbene. Jeg kan vise bare en av jobbkøene.
La oss se hvor mange jobber som kjører i klyngen, når brukeren kan begynne å kjøre sine egne jobber.
Vi ser her antall noder, men alle disse parameterne er forhåndsvalgt. Så hvis brukerne
vet ikke hva de betyr, de kan bare la det være som de er, de vil bruke standard
og klikk på utfør.
Jobben tas opp av Galaxy Fox-portalen som sendes til, ser du her i det gule vinduet. Jobben er
kjører og den får resultatene igjen i samme nettleservindu, la meg se hvordan vi kan løse det.
Klikk på den.
Jeg har dette vinduet for øyet, jeg ser ikke øyet på grunn av zoomen. Så vi kan se her...
Jobbene som kjører nå og de faktisk kjører, er status R.
En mer komplisert meny av verktøyet er dette, for eksempel tok jeg NCBI BLAST på venstre side. Vi ser alle
disse parameterne for verktøyet. Disse parameterne er de samme som bryterne på kommandolinjen,
men de hopper over denne innsatsen til brukeren. Brukeren kan bare velge fra noen rullegardiner og Selvfølgelig er forutsetningen at brukeren vet hva verktøyet gjør i prinsippet og setter de riktige parameterne,
og resultatene vil vises på høyre side her hvor det grønne feltet er. I tillegg til denne
Galaxy Fox-portalen er basert på Galaxy-rammeverket som er et veldig stort fellesskap, bygget
i utgangspunktet for bioinformatikk, men nå brukes den til mange andre domener. De gir også
undervisningsverktøy og her i den fine lille capsen på toppen.
Du kan se Galaxy opplæringsmateriell, de varierer fra utvikling og administrasjon til en
enkle brukeroppgaver, hvordan du åpner en fil, hvordan du laster opp en fil og så videre. Det som er fint å si er det
faktisk å være på forskning Educloud det er innenfor samme domene hvor
alle filene til enheten er. Så problemet med å flytte data fra en annen kilde og bringe dem inn i Galaxy Fox
Inn i selve klyngeboksen er så å si det. Hvordan kommer man til dette grensesnittet? Hvis man skriver bare Galaxy.Educloud.no
Vi kommer til denne første siden. Det er en kort beskrivelse. Beklager, det var en omlasting
Men når du laster om, bare et spørsmål fra siden. Sier du at du trenger
Educloud prosjekter for å bruke disse ressursene? Ja, det var det jeg skulle si
At brukerne må ha registrert seg i et Educloud-prosjekt før de kjører det.
De ber om tilgang gjennom denne første siden av verktøyet... La oss hvorfor det ikke lastes inn
ordentlig i dag. Fordi dataene er lagret i Educloud? Dataene lagres i Educloud, Galaxy Fox
selv er installert i es. Så det er i utgangspunktet den samme fysiske plasseringen av dataene
Så dette er den første siden av tjenesten. Som vi har nevnt her før du starter
du må be om tilgang i dette klikke Educloud-vinduet og folk registrerer seg her, de logger på
når de har logget på og dette er
ganske raskt fordi vi som administratorer av Galaxy Fox mottar informasjon som brukere har spurt om
for tilgang. Vi legger dem bare til det respektive Galaxy Fox-prosjektet, og de kan begynne å logge det
og kjører jobbene fra Galaxy Fox-plattformen.
Den bruker en to-faktorautentisering.
Vi kan prøve å vise dette
Men du trenger... mange brukere kan dele et prosjekt.
Så lenge brukerne er medlemmer av prosjektet kan de dele dataene, jeg mener prosjektet.
Det er mer komplisert enn dette, i den forstand at Galaxy Fox kjører jobbene
som en robotbruker bak. Så brukere trenger ikke å vite dette, og de trenger ikke å vite dette,
Alle brukerne i Galaxy Fox tilhører det samme prosjektet, men det finnes måter å gruppere på
brukerne i Galaxy Fox, tildeler dem kvoter, tildeler prosjektledere
Jeg mener inne i denne firekjernen. Så du trenger tilgang til dette reveprosjektet? Ja, du trenger
tilgang til det. Jeg har skrevet den første av denne proxyen, dette er enkelt 73. Alle skal logge inn og spørre
fordi når man går til Educloud uansett i forsknings-Educloud-grensesnittet, den første
trinn er å be om tilgang til å søke om et prosjekt. Så brukere kan være medlemmer av mange prosjekter,
Normalt er ett eget prosjekt og ett e73, som vil være Galaxy Fox-prosjektet. Når de er lagt til
til dette prosjektet kan de bruke dette nettgrensesnittet og de kan velge
verktøyet de ønsker. Det jeg glemte å si er at hvis verktøyet ikke er på listen, kan de alltid
skriv til oss. Vi gir her en e-post, den går til billettsystemet, og de kan alltid be oss om det
legg til det respektive verktøyet i listen over tilgjengelige verktøy. Men som jeg sa, verktøyene som er synlige her er
en undergruppe av alle verktøyene som er tilgjengelige på Fox. Så det er i utgangspunktet nei
grunnen til at vi ikke vil gjøre disse verktøyene tilgjengelige gjennom dette grensesnittet også
Det er ett spørsmål til, vil dette være tilgjengelig i TSD?
Dette er ikke løst ennå, vi har ikke vurdert dette ennå. Jeg tror, hvis vi noen gang prøver å gjøre dette i TSD,
vi vil ha en dedikert plattform for TSD, men det vil ikke være et alvorlig problem fordi alt er det
automatisert, vi har en komplisert ansible spillebøker for dette. Men kan du si, har vi det
noen... Hva synes vi om disse kategoridataene...
De svarte dataene og de røde dataene. Kan du bruke dette systemet til det, helsedata?
Når vi ser dataene, blir de røde eller gule, eller grønne bare fordi vi kan se data som dette
ellers er dataene alltid av samme type. Men det er som sagt nei, selv om det er en tofaktor.
Vi kan fortsatt ikke eller kan skille mellom røde data eller...
Ja, disse spørsmålene får vi hver dag på datakonferansen
Hvilke kategorier av data, hva som er tillatt her og der... og jeg vet ikke, sa advokatene,
det kommer an på. Det vil avhenge av oss hvilke dataplasseringer som vil være tilgjengelige for dette grensesnittet
Det er et annet spørsmål her. Finnes det en tilsvarende Galaxy for HPC som hum eller Betzy?
Ikke at jeg vet om nei.
Tusen takk. Da du startet denne jobben i demoen din
var det et R-skript? Hva slags kode...Det må være en slags kode
å lage dette. I eksemplet du viste, da du nettopp startet
jobb. Så dette er to små verktøy vi har utviklet for brukere å teste. Disse er
veldig enkle verktøy. Og de løper, det er et komplisert maskineri bak kulissene som driver jobbene.
Forbered dem i et spesifikt format slik at de kan leses av alle køsystemene i klyngen
og klyngen tar den inn som en hvilken som helst annen vanlig jobb, drevet av brukeren som er logget på terminalen
Da sier vi takk til deg Nicola